In örtlicher Betäubung wird durch einen Zahnfleischschnitt der über der Wurzelspitze befindliche Knochen freigelegt und etwa in Größe einer Erbse mit dem Bohrer abgetragen. Die Wurzelspitze wird gekürzt und das entzündliche Gewebe entfernt. Durch die vor oder während der Operation vorgenommene Wurzelkanalfüllung wird die Wurzelschnittfläche abgedichtet. Die durch die Resektion entstandene Knochenhöhle füllt sich durch nachwachsendes Knochengewebe. Als Nachweis der Knochenauffüllung wird nach circa einem halben Jahr ein Röntgenbild genommen (Verlaufskontrolle).